复仇者联盟成立后，政府正式建立了神盾局来应对超自然威胁。然而代号为“科尔森”的特工菲尔·科尔森——那个在《复仇者联盟》中被洛基杀死的男人——秘密复活并组建了一支由“非典型”人才构成的小组：黑客斯凯、特工沃德、科学家菲兹和西蒙斯、以及资深特工梅。他们负责处理那些级别太高、太奇怪、或者太过危险以至于复仇者们无暇顾及的任务。本季前半部分以单元案件展开，揭露了蜈蚣计划、重力翁等危机。但在后半季，当美国队长揭露神盾局被九头蛇彻底渗透后，科尔森的小组瞬间成为被全美通缉的对象，他们必须在没有后援、没有上级、没有一个可信任之人的情况下，找出隐藏在组织内部的最高级别间谍。
作为漫威电影宇宙的首部衍生剧，本季在最初的单元剧模式后，凭借与《美国队长2》联动的剧情神展开彻底颠覆了故事格局。“九头蛇渗透”的转折让整个团队关系和观众认知同时被打碎重建，从此一路高歌猛进。角色塑造扎实，团队化学反应极佳。
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