三十出头的相勋是个以暴力讨债为生的街头混混，浑身伤疤、说话粗鲁，每晚要靠烈酒才能入睡。一天，他失散多年的同母异父妹妹、十六岁的高中生艺琳突然找上门来，母亲刚刚因肝癌去世，临终前将艺琳托付给这个从未谋面的哥哥。相勋本想拒绝，却在看到艺琳身上与自己童年一模一样的烫伤疤痕时沉默了。两人在同一屋檐下开始了笨拙的磨合：相勋依旧去讨债、打架、喝醉后砸东西；艺琳则每天默默收拾残局，做好晚饭等他回来。直到相勋在一次斗殴中被捅伤，艺琳为他包扎时发现了满背的旧伤——那都是儿时被父亲虐待留下的。艺琳说：“哥，苍蝇只找有伤口的地方。我们不是苍蝇，我们只是伤口还没好。”
极致的疼痛感贯穿全片。男女主角的表演堪称教科书级别，没有哭天抢地，所有的苦都被咽进肚子里。片名“绿头苍蝇”的隐喻在结尾瞬间点明：那些令人厌恶的、盘旋不去的，不是他们自己，而是从未愈合的童年。
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